Los tratamientos para las diversas IDP implican su atención integral, por lo tanto requieren un grupo interdisciplinario de médicos especialistas y terapistas. En general, podemos dividir el tratamiento de las IDP en dos fases: una terapia convencional, que consiste en el manejo y prevención de infecciones y secuelas mediante el uso agresivo de antimicrobianos

La otra parte del tratamiento consiste en la intervención inmune específica la cual se puede dividir en terapia de reemplazo, que consiste en la administración de gamaglobulina humana intravenosa en las deficiencias cuantitativas o cualitativas de anticuerpos, así como el uso de ciertas citoquinas o enzimas, y la terapia  de reconstitución inmune, en  cuyos casos es necesario reemplazar el sistema inmune original mediante un transplante de células madre (también conocido como transplante de médula ósea), y en algunos casos selectos, mediante el uso de terapia génica para la corrección in vivo de la enfermedad. En Colombia, ya disponemos de estas terapias de reemplazo así como del transplante de médula ósea, pero la terapia génica no está disponible y todavía es de carácter experimental en muchos casos.

Lo más importante en todos los casos, será el conocimiento que pueda tenerse de estas enfermedades y tener la certeza de que un diagnóstico temprano y la instauración de una terapia apropiada, podría en muchos casos llegar a marcar la diferencia entre la supervivencia con calidad de vida en muchos de estos pacientes.

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